OrganizerからProvision fileを更新しても、XcodeのBuild Settingに反映されませんでした。Provision fileは別のMacで生成されたもので、証明書の作成は上手く作成できていました。
・参考
http://kronus9.sblo.jp/article/85304109.html
XcodeのEditorからProvision fileをimportすると、反映されました!
[Xcode5.0] プロビジョニングプロファイルの追加がわかりづらくて困った — ymt2log